Jaap Vermeer begon in 1969 als assistent programmatechnicus. Later werd hij programmatechnicus bij de NOS en raakte geïnteresseerd in de radiojournalistiek.
Vermeer was sinds 1987 freelance programma- en documentairemaker onder meer voor de RVU, KRO, NOS en Radio Utrecht.
Hij maakte als programmamaker grote en zeer succesvolle TV-documentaires voor de IKON (de atoombom op) Nagasaki, De Optimisten, en vooral Op Staphorst, de best bekeken en gewaardeerde tv-documentaire ooit. Sinds 1991 tot recent was Vermeer jaarlijks verantwoordelijk voor de organisatie van de RVU radioprijs voor jonge radiomakers.